Las muestras de asentamientos humanos en el término municipal de Fernán Núñez datan del Paleolítico inferior. Se han encontrado útiles de piedra pertenecientes a esa época en las inmediaciones del arroyo Ventogil.
Durante la época romana la zona donde hoy se asienta la localidad perteneció al territorio de la antigua ciudad íbero-romana de Ulia . Éste fue un asentamiento que abarcó un amplio territorio entre los términos municipales de Fernán Núñez y Montemayor.
Se han encontrado importantes restos arqueológicos de villae romanas, en zonas como Valdeconejos o Mudapelo. Esto denota una importante posición social de algunos de los pobladores de Ulia. Restos de mosaicos, ánforas o estatuas hallados en esas zonas, demuestran un gran nivel de romanización de estas tierras, llegando incluso a acuñar moneda.
Durante el periodo musulmán, este territorio pertenecía a la cora cordobesa. Aún hoy se conservan, aunque en muy mal estado, restos de algunas torres defensivas como la torre de Aben Cáez o la torre de la Atalaya.
En la época de la reconquista los territorios fueron tomados por las tropas del rey Fernando III, en el año 1240. Uno de sus capitanes, Fernan Núñez de Témez, se apoderó de una de las torres defensivas musulmanas (torre de Aben Hana), dándole su nombre. Los restos de esta torre, que a la postre daría también su nombre al pueblo, están integrados en el Palacio ducal y aún hoy son visibles.
El primer asentamiento cristiano se situaba en torno a la torre de Aben Cáez, en las inmediaciones de la actual ermita del Calvario. Probablemente se trataba de un poblado de mozárabes. Allí se alzaba una iglesia parroquial cuya campana fue encontrada, siglos más tarde, por Juan Criado, ilustre vecino de la villa que la usó situándola en la espadaña del antiguo Hospicio de La Caridad. La zona no ofrecía suficiente protección ante las esporádicas incursiones musulmanas. D. Diego Gutiérrez de los Ríos y García de Aguayo, en 1385, consiguió el permiso para trasladar la parroquia a un lugar más seguro, bajo el amparo del recién construido castillo de Fernán Núñez. Ésta fortificación absorbió en su estructura a la conquistada torre de Fernán Núñez. La nueva parroquia se construyó anexa al castillo formando el núcleo del nuevo asentamiento bajo el estilo románico afín a las iglesias fernandinas cordobesas.
Durante los siglos XVI y XVII Fernán Núñez continuó creciendo. Poco a poco la pequeña aldea se convirtió en una villa próspera y trabajadora.
Ya en el siglo XX comienza a articularse en la localidad un movimiento obrero de tendencia anarquista, sucediéndose numerosas huelgas. El advenimiento de la II República Española es recibido con un aplastante triunfo del Frente Popular. En ésta época se intenta llevar a cabo una reforma agraria, con el objeto de conseguir tierras de cultivo para arrendar a los campesinos. Esta situación provocó la huida de los grandes propietarios.
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